Родившись в благочестивом семействе на острове Митилене, Парфений, с детства отличавшийся любознательностию и усердием к научным занятиям, достиг замечательнаго образования. Преимущественно же изучал он св. Писание и вообще отличался благочестием. Он был сначала поставлен церковным чтецом, потом прошел степени диакона, иерея, а по смерти епископа Хиоского возведен на архиерейскую кафедру.

В 1657 г. членами Константинопольского синода Парфений был единодушно избран на патриарший престол. Но не долго привелось сиять этому светильнику на общее благо: мученический венец достойно увенчал его высокую пастырскую деятельность.

Случилось в это время, что Крымский хан послал к казацкому гетману своего посла с важными поручениями. Посол встретился у гетмана с бывшим митрополитом Никейским, который пользовался там большим почетом и влиянием на дела. Это возбудило подозрительность ханского посла. Возвратившись, он сообщил хану свои предположения, что митрополит послан Константинопольским патриархом ради целей, враждебных для Турции. Хан сообщил эту весть визирю, который вызвал к себе Патриарха для объяснений. По тщательном исследовании дела не оказалось предполагаемой измены и предательства, но для прикрытия лжи хана и для отклонения от самого себя подозрения в лицеприятии, визирь решился пожертвовать владыкою и предал его, как государственного изменника, градоначальнику для исполнения над ним смертного приговора. При этом визирь дал тайный приказ оставить святителю жизнь, если он, ради того, чтобы засвидетельствовать свою преданность Турции, согласится сделаться мусульманином.

В исполнение этого приказа градоначальник предложил православному Патриарху принять исламизм, присоединив к этому обещание всевозможных почестей.

“Я не изменник государству и не причастен никаким честолюбивым замыслам, - отвечал ему Парфений, - это вы сами увидите, если пожелаете открыть истину. Что же касается до предложения вашего, чтобы я принял исламизм, то я готов лучше умереть, чем отречься от моей веры, Христос один - моя радость и мое прибежище!”

Видя безуспешность влияния блистательных обещаний, градоначальник надеялся подействовать на святителя жестокими истязаниями, но ошибся и в этом расчете.

С непоколебимым терпением перенес Парфений все мучения; мужественно принимая тяжкие раны, он благодарил Бога, что сподобился пострадать ради святаго имени Его и молил Его укрепить его до конца. После всех мук Патриарх был новешен в Пармаккани, в Лазареву субботу 1657 г.

О мученичестве блаженнаго патриарха Парфения написал Мелетий, епископ Сигирийский. 0 нем упоминает Досифей в своей книге о патриархах Иерусалимских и Мелетий в III-м томе своей церковной истории.