Несоблюдение установленного процессуальным законом порядка проведения экспертизы в судебном заседании может послужить одним из оснований отмены приговора. Так, судебная коллегия по уголовным делам Верховного Суда РФ, отменив приговор по делу по обвинению П., указала, в частности: «Как на одно из доказательств, подтверждающих совершение П., преступления в состоянии внезапно возникшего сильного душевного волнения, суд сослался на заключение судебно-психологической экспертизы о том, что П. находился в состоянии длительного психологического стресса. Однако сама эта экспертиза была назначена и проведена с нарушением  УПК. Согласно требованиям УПК РФ при решении вопроса о назначении экспертизы, в целях обеспечения прав и интересов участвующих в деле сторон, председательствующий должен был запросить у сторон вопросы в письменном виде, огласить и обсудить их и после этого сформулировать необходимые вопросы для эксперта. Получив письменное заключение от эксперта, суд должен был обеспечить его участие в судебном заседании. После оглашения экспертом заключения, которое приобщается к делу вместе с вопросами, ему могли быть заданы вопросы по существу данных им ответов. Все эти требования судом соблюдены не были. При таких обстоятельствах считать приговор в отношении П. законным и обоснованным нет основания.
Оценка допустимости заключения эксперта.
При оценке допустимости заключения эксперта помимо соблюдения процессуального порядка и процессуальной формы экспертизы должно быть проверено также, не подлежит ли эксперт отводу, т. е. достаточно ли он компетентен и не заинтересован ли в исходе дела. Это в основном относится лишь к так называемым частным экспертам, данные о специальности и компетентности которых должен выяснить сам следователь. Если экспертиза проводится в экспертном учреждении, то непосредственно эксперта определяет руководитель этого учреждения (структурного подразделения), который хорошо осведомлен о специализации своих работников, и где все эксперты проходят в установленном порядке аттестацию по своей специальности. Поэтому практическим основанием для отвода таких экспертом может служить лишь выявившаяся их личная заинтересованность в исходе дела.
Если при оценке заключения эксперта выяснится, что он подлежал отводу, заключение лишается всякого доказательственного значения, и по тем же вопросам должна быть проведена новая экспертиза, поручаемая другому эксперту или экспертам.
И, наконец, оценивая допустимость заключения, необходимо проверить правильность его оформления, наличие всех необходимых реквизитов, указанных в законе.
Бывают случаи, когда отсутствует вводная или исследовательская часть, нет подписи эксперта или заключение подписано не тем лицом, которое указано в  вводной части. Если экспертиза была комплексная, и в заключении как отмечалось выше, должно быть, кроме того, указано, какой эксперт какие исследования проводил и каждая часть исследования подписывается только теми экспертами, которые ее осуществили.
Важное значение для оценки заключения эксперта имеет допустимость объектов, исследовавшихся экспертом. Если они будут признаны недопустимыми, то автоматически теряет это свойство и само заключение эксперта. Поэтому всегда должна быть проверена процессуальная доброкачественность объектов экспертного исследования. Для этого нужно, прежде всего, установить был ли законным способ их получения. Так, вещественные доказательства могут быть изъяты в ходе какого-то следственного действия (осмотра, обыска, выемки, освидетельствования) либо представлены кем-нибудь из участников процесса либо посторонними лицами. Документы могут быть, кроме того истребованы от учреждений, предприятий, организаций и должностных лиц.
Должен быть соблюден также процессуальный порядок получения следователем (судом) этих объектов.
Особенно это относится к получению вещественных доказательств в ходе следственных действий. Если при этом были допущены существенные нарушения, ставящие под сомнение достоверность результатов следственного действия или ущемляющие права граждан, то вещественные доказательства могут быть признаны недопустимыми. А это, в свою очередь, как указывалось, влечет недопустимость и заключения эксперта по исследованию этих объектов. Показательно в этом отношении дело Л., осужденного по ч. 4 ст. 224 УК. Приговор по этому делу был отменен Судебной коллегией Верховного Суда РФ, которая указала в своем определении следующее: на предварительном следствии и в суде Л. виновным себя не признал и утверждал, что во время обыска из кармана его дубленки были изъяты остатки просыпавшегося табака и разный мусор. Изъятое не взвешивалось и не опечатывалось. На экспертизу работники милиции направили другое вещество, у него гашиша не могло быть. Как видно из дела, обыск на квартире Л был проведен до возбуждения дела, без санкции прокурора и в ночное время; обнаруженное вещество изъято, хранилось и сдано на экспертизу с нарушением порядка, установленного УПК РФ. До возбуждения уголовного дела была назначена и проведена химическая экспертиза, согласно заключению которой представленный на исследование образец содержит в своем составе гашиш. Поскольку указанные следственные действия проведены без возбуждения уголовного дела, т. е. в нарушении установленного уголовно-процессуальным порядком, полученные в результате их данные не могут являться доказательствами. Поэтому коллегия отменила приговор и все последующие судебные решения и дело, в соответствии с  УПК РФ производство прекратила за недоказанностью участия обвиняемого в преступлении.
Как видно из этого примера, на допустимость объекта экспертного исследования влияет не только соблюдение правил его получения, но и надлежащее его хранение уже после изъятия. Оно должно исключать возможность подмены объекта, т. к. сомнения в подлинности объекта экспертного исследования так же могут повлечь недопустимость заключения эксперта.
Однако надлежащее хранение объекта экспертного исследования весьма важно еще и в другом отношении. В ходе некоторых экспертных исследований устанавливается так называемый факт контактного взаимодействия нескольких объектов. Чаще всего такой вопрос решается в отношении комплектов одежды преступника и жертвы (по делам об изнасилованиях, убийствах и др.).
Если на исследуемых комплектах обнаруживаются многочисленные взаимопереходящие волокна-наслоения, образующие неповторимую совокупность, то с учетом их локализации, механизма переноса и других факторов эксперт может дать категорический вывод о том, что данные комплекты находились в непосредственном контакте. Например, по делу об изнасиловании малолетней девочки одежда потерпевшей включала двухцветные (в крапинку) пальто, две вязаные шапочки (трех и четырехцветные), две пары рейтуз (одноцветные), две пары варежек (двух и трехцветные), белье. На одежде у обвиняемого были обнаружены волокна, однородные почти со всеми компонентами указанных вещей, на них в свою очередь обнаружены волокна, однородные с некоторыми предметами одежды обвиняемого. Такая совокупность взаимопереходящих волокон-наслоений, с учетом их локализации и механизма переноса, обоснованно признана экспертами уникальной и неповторимой и дан категорический вывод об имевшем место факте контактного взаимодействия.
Такого рода выводы бывают довольно сильной уликой. Однако она действует только при условии, что комплекты одежды не могли находится в контакте вне событий преступления. Если такая возможность не исключается (например, насильник и потерпевший были знакомы и незадолго до проверяемого преступления ехали вместе в автобусе), то факт контактного взаимодействия сильно обесценивается либо вообще его значимость может быть сведена к нулю. Такой контакт вполне возможен и при хранении объектов уже после изъятия. Поэтому должны быть четкие гарантии их раздельного хранения.
В судебном разбирательстве нередко такой вопрос возникает и соблюдения правил хранения комплектов одежды подвергается проверке. Например, по делу С., осужденного за изнасилование малолетней О. Судебная коллегия по уголовным делам Верховного Суда РФ, оставив приговор в силе, указала, в частности: «Как видно из акта криминалистической экспертизы, одежда осужденного и потерпевшей была упакована в разные пакеты и опечатана, что опровергает доводы адвокатов о нарушении органами следствия  УПК РФ».
В тех случаях, когда факт раздельного хранения такого рода объектов вызывает сомнение, заключение эксперта может быть также подвергнуто сомнению и даже полностью лишено всякого доказательственного значения. Показательно в этом отношении дело У., осужденного Верховным Судом Татарстана за изнасилование и убийство С. Президиум Верховного Суда РСФСР, отменив приговор, указал в своем постановлении, что согласно заключению криминалистической экспертизы, на одежде У. и потерпевшей имеются микроволокна-наложения, одинаковые по родовым признакам. Однако У. утверждает, что во время проведения очной ставки с отцом С. он видел, что его одежда лежала вместе с одеждой потерпевшей. Эти показания ничем не опровергнуты. Из материалов дела усматривается, что одежда С. изъята с места происшествия 3 октября, а одежда У. - во время обыска у него 7 октября, и только 11 октября был составлен протокол об отдельной упаковки одежды У. и С. Где и как хранилась указанная одежда, почему она не была упакована во время изъятия, по делу не проверялось, и могли ли от совместного хранения частицы одной одежды оказаться на другой, не выяснялось. При таких условиях заключение эксперта не может иметь какого-либо доказательственного значения.
Оценка достоверности заключения эксперта.
После того, как заключение признано допустимым, нужно установить, насколько оно соответствует действительности. Это очень сложный момент оценки, во всяком случае здесь нет таких четких формальных критериев, как при оценке допустимости. Как же определяется достоверность заключения эксперта?
Прежде всего должно быть проверено, насколько обоснованы выводы эксперта, достаточно ли они аргументированы, подтверждены приведенными исследованиями. Поэтому сначала нужно проанализировать само заключение эксперта (все связи его с другими доказательствами по делу), его содержания и структуру, внутреннюю логику. Такой анализ должен включать в себя следующее.
Во-первых, насколько надежно примененная экспертом методика. Как правило, эксперт (во всяком случае в экспертных учреждениях) проходит исследования по заранее разработанным методикам, официально апробированным и утвержденным. Надежность их обычно достаточно высока. Тем не менее, в судебной практике бывают случаи, когда научная обоснованность экспертной методики ставится под сомнение кем-нибудь из участников процесса, становятся предметом активного обсуждения в судебном заседании. Чаще всего это делается в отношении нетрадиционных, недавно созданных методик, не получивших еще всеобщего признания. В последнее время в связи с отменой в стране единой и общеобязательной идеологии появились различные альтернативные школы (подходы) в судебной психологии и психиатрии, бывшие ранее у нас фактически под запретом, но широко распространенные за рубежом. В связи с этим вполне возможно непривычное для нас ранее картина, когда в суде два эксперта с различными методологическими установками обосновывают прямо противоположные выводы. В таких ситуациях оценка обоснованности заключения эксперта сводится по существу к определению обоснованности примененной экспертом методики.
Однако пока, что на практике чаще всего ставится под сомнение не научная обоснованность экспертной методики, а правомерность ее применения в данном конкретном случае. Например, по делу о столкновении автомобиля с прицепом и трактора с прицепом повторная автотехническая экспертиза была назначена в связи с тем, что при ответе на вопрос, на каком расстоянии от места столкновения находился автомобиль в момент начала реакции водителя, экспертом была использована формула определения расстояния для случаев, когда наезд произошел в конце торможения. В данном же случае наезд-столкновение имел место в процессе торможения в связи с чем эта формула неприменима.
В практике встречаются также случаи использования экспертами (особенно частными) устаревших и нерекомендованных методик, неправильного выбора коэффициента или иных табличных данных, что необходимо учитывать при оценке достоверности заключения эксперта. Например, по делу о столкновении автомобилей в заключении эксперта - автотехника коэффициент торможения для автомобиля с грузоподъемностью свыше 4, 5 тонн на сухом асфальтовом покрытии был взят равным 1, 5, в то время как по таблице ВНИИСЭ он равен 2, 0. В связи с этим была назначена повторная экспертиза, которая не подтвердила вывод первичный. В последнее время все большее число экспертных исследований проводится с использованием ЭВМ. В зависимости от степени формализации исследования роль математических методов может быть различной - от вспомогательных, применяемых наряду с традиционными, до основных, когда практически все расчеты осуществляются на ЭВМ (в автотехнической экспертизе). В таких случаях правильность вывода зависит от надежности примененной программы для ЭВМ. При оценке этого нужно иметь в виду, что по установленному в экспертных учреждениях порядку, каждая программа, прежде чем она допускается к использованию, в экспертной практике, должна пройти установленную процедуру апробации и утверждения. Причем данные об этом отражаются в заключении. Поэтому имеется возможность проверки надежности программы по формальным признакам - кем она создана, когда, каким органом одобрена и рекомендована к применению и т. п. Программа, не отвечающая установленным формальным требованиям, может быть поставлена под сомнение, а это в свою очередь, может послужить основанием для оспаривания экспертного заключения.
Проблема истинности вывода эксперта рассматривалась учеными А. И. Винбергом, Л. Е. Ароцкером, А. А. Эйсманом и другими.
А. И. Винберг пишет, что «достоверное заключение - это значит в объективном смысле истинное заключение, т. е. полностью отражающее действительность и, таким образом, отвечающее задачам правосудия в установлении истины по делу». Такую же точку зрения высказывает Л. Е. Ароцкер, указывающий, что «достоверность заключения эксперта - криминалиста - это истинность его выводов, полное соответствие их объективной действительности». Причем имеется в виду соответствие истинному положению как исходных посылок вывода (например, признаков почерка), так и следующих из этих посылок самих выводов (в соответствии с законами логики).
А. А. Эйсман указывает: «достоверным мы будем называть такой вывод из исследования или такое утверждение, истинность которого обеспечена, гарантирована соответствующими выбором метода исследования или способа рассуждения».
Надо отметить то обстоятельство, что во всех случаях истинным считается такой вывод эксперта, который соответствует объективному положению вещей.
 Оценка обоснованности заключения эксперта.
Помимо надежности примененной экспертом методики (включая и программу для автоматизированного экспертного исследования) при оценке обоснованности заключения эксперта нужно учитывать достаточность представленного эксперту исследовательского материала. На практике эксперты не всегда используют свое право заявить ходатайство о предоставлении дополнительных материалов и иногда дают заключения на основе недостаточной совокупности таких материалов, что может привести к экспертной ошибке. Примером может служить заключение судебно-психиатрической экспертизы по делу Ш; на основании которого он был признан невменяемым. Определение областного суда об освобождении Ш. от уголовной ответственности было отменено коллегией по уголовным делам Верховного Суда РФ ввиду того, что было признано необоснованным указанное заключение. Ссылки экспертов на якобы перенесенные Ш. тяжелые заболевания и нахождение на излечении в психиатрической больнице документально не подтверждены и включены в акт экспертизы со слов обследуемого. Судебная коллегия указала, что эти данные необходимо проверить следственным путем, поскольку они имеют первостепенное значение для решения вопроса о психической неполноценности Ш. и его вменяемости. Коллегия предложила также при новом расследовании собрать подробные данные о поведении Ш. на работе и в быту и с их учетом провести повторную судебно-психиатрическую экспертизу. В определении коллегии отмечено, что свой вывод о том, что заключение судебно-психиатрической экспертизы является правильным, суд обосновал впечатлениями о поведении Ш. в судебном заседании и общими рассуждениями о нелогичности его поведения в момент совершения преступления, в то время как по смыслу закона, оценивая выводы эксперта он должен был проверить достоверность и достаточность тех материалов, которые исследовались экспертами-психиатрами и легли в основу их заключения.