Романное время охватывает целую эпоху, ограниченную, однако, рамками деятельности центрального героя - Петра I, которого писатель показывает на протяжении 25 лет.
Первоначально Алексей Толстой предполагал довести повествование о Петре до Полтавской битвы, но смерть писателя остановила работу над рукописью, и роман завершается победой русских войск под Нарвой.
Таким образом, историческая судьба главного героя определила композицию романа.
В первом томе А. Н. Толстой рисует детство и раннюю молодость Петра. Исторически это очерчивается возвращением Петра из первого заграничного путешествия и событиями стрелецкого бунта.
Во втором томе воссоздается первый период преобразовательной деятельности Петра, включающий в себя начало Северной войны и основание Петербурга.
Третья книга романа написана в последний период творчества и осталась незавершенной. Алексей Толстой утверждал, что "третья книга - самая главная часть романа", так как она относится к наиболее интересному периоду жизни героя и в ней будут осуществлены все основные задачи, которые писатель ставил перед собой, приступая к созданию "Петра Первого".
По словам А. В. Алпатова, несмотря на то, что Толстому не удалось реализовать полностью намеченного им плана третьей книги, шесть написанных глав развертывают перед нами богатое содержание. В повествовании обозначаются новые горизонты, проступают новые сюжетные линии... Гораздо большую завершенность и яркость приобретает образ Петра.
Основу содержания третьей книги составляют темы крепнущей военной мощи России и культурного подъема русского общества, победы нового в патриархальном укладе старой Руси.
Все разнообразные эпизоды, сюжетные линии располагаются вокруг этих двух центров, притягивающих к себе весь материал третьего тома. Три книги, составляющие роман, связаны воедино и развитием сюжета - постепенное становление нового русского государства и личности Петра - и общими для всех трех книг героями.
Личная судьба царя-реформатора крепко спаяна в романе с исторической судьбой России. Чутко улавливая назревшую потребность коренных изменений жизни Российского государства, царь начинает действовать решительно. Толстой показывает, как сама эпоха выбирает Петра, как исторические обстоятельства формируют те качества его личности, которые помогают ему пробудить Россию от вековой спячки, вывести ее. на новый этап развития, когда уже не призраки торговых кораблей, а настоящий российский флот выходит в море и русские закрепляются на Балтийском побережье, где начинается строительство города-крепости.
Таким образом, композиция романа связана с главной творческой задачей писателя - показать "становление личности в эпохе". Этой художественной задаче подчинены все компоненты произведения. Особенно значительно, с точки зрения художественного раскрытия толстовской концепции роли личности в истории, сопоставление образов Петра и Василия Голицына. Просвещенный мечтатель, Голицын так же, как Петр, осознает необходимость решительного общественного и государственного преобразования России, но личная слабость, пассивность, нерешительность приводят его в лагерь реакционных сил. В систематическом противопоставлении Голицыну и Софье писатель рисует Петра в развитии, в неуклонном движении его личности вперед.
Принцип контраста выдерживается Толстым и в последующих главах романа. Петр постоянно, но ненавязчиво противопоставляется королю Августу ("шармант и симпатию"), грубому и ограниченному солдафону- Карлу, твердокаменному коменданту Нарвы - Горну, а также ближайшим сподвижникам - Францу Лефорту и Александру Меншикову.
В характере Петра и его деятельности ярко проявились главные устремления эпохи, ее сущность. Алексей Толстой сумел оценить историческое место своего героя, правдиво изобразить масштабы его деятельности, дать художественное исследование целой эпохи.
Из множества эпизодов и картин складывается достоверный художественный мир, в центре которого царь-преобразователь и его деятельность. Противоречивый образ государя становится связующим звеном всех событий и судеб в романе.