4 июня, в ходе своей первой пресс-конференции в новой должности, Путин сообщил, что руководство страны будет уделять больше внимания региональной политике, контроль за выполнением президентских поручений, распоряжений и указов на местах усилится, однако не следует ожидать "закручивания гаек". Путин также рассказал о результатах своей деятельности на посту главы ГКУ – выявленных злоупотреблениях (в частности, в виде нецелевого использования бюджетных средств) и возбужденных уголовных делах. Так, Путин указал на нарушения, обнаруженные в финансовой деятельности компании "Росвооружение", и продолжающуюся проверку этой организации. Впоследствии журналисты связывали эту проверку с интригами против руководителя "Росвооружения" Евгения Ананьева, который в конце концов был отправлен в отставку.
15 июля 1998 года Путин сменил Сергея Шахрая на посту главы Комиссии при президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации.
Во время своего недолгого пребывания в должности куратора регионов Путину, в частности, пришлось заниматься непростыми отношениями между Осетией и Ингушетией. Есть мнение, что Путин принял участие в этом процессе, поскольку Ельцин уже готовил его к новой должности – руководителя ФСБ. Утверждалось также, что само назначение Путина первым заместителем главы администрации было предпринято с "дальним прицелом" на пост директора ФСБ. На счету тогдашнего директора службы Николая Ковалева были серьезные провалы в работе, и его отставку сочли абсолютно предсказуемой. Путина же еще в июне 1998 года называли его возможным преемником. Тем не менее, сам Путин утверждал, что новое назначение стало для него неожиданностью.
Наблюдатели отмечают, что во время работы в администрации Путин был "незаметным", закулисным деятелем, и, возможно, именно "старание и скромность" Путина помогли ему завоевать расположение президента и его окружения. Так или иначе, в конце июля 1998 года Путин возглавил Федеральную службу безопасности. С одной стороны, причиной назначения называли лояльность Путина президентскому окружению и тот факт, что его политические пристрастия были известны и не внушали опасений. С другой стороны, наблюдатели отмечали, что, несмотря на свои многочисленные связи в истеблишменте страны (в первую очередь – с Чубайсом), Путин – достаточно независимая и самостоятельная фигура.
27 июля премьер-министр Сергей Кириенко представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью. Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как "в свой родной дом" и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее, в книге "От первого лица" он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма.
Если верить сообщениям прессы, без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ - из-за его невысокого для поста руководителя службы звания (подполковник запаса) и из-за направления его былой работы в КГБ - Путин не был контрразведчиком, работал по линии внешней разведки. Согласно другой версии, в ФСБ назначение нового директора восприняли скорее безразлично, и это можно связать со слухами о вскоре предстоящей замене Путина. Председатель Комитета по безопасности Госдумы коммунист Виктор Илюхин назвал замену Ковалева Путиным "неожиданной и абсолютно неравноценной" и объяснил ее недоверием президента к силовым ведомствам. Существовала версия, согласно которой в Кремле заподозрили, что Ковалев чуть ли не готовил заговор, аналогичный заговору 1991 года; потому его якобы и сменили на более "мирного" Путина.
По мнению многих журналистов, назначение Путина было вызвано желанием Ельцина в большей степени опираться на поддержку спецслужб и обещало начало "повсеместного и неприкрытого политического сыска". Официально перед Путиным была поставлена задача усиления борьбы с экономическими преступлениями, но истинной его целью называли обеспечение переизбрания Ельцина на третий срок или, в случае неучастия президента в выборах, благополучную передачу власти его преемнику. Здесь ключевую роль мог сыграть опыт Путина во внутриполитических и экономических вопросах, на который указал в своем выступлении Кириенко.
Путину предстояло реформировать ФСБ, значительно сократив ее центральный аппарат (с 6 до 4 тысяч человек). Сотрудники центрального аппарата ждали грядущих кадровых перемен с обеспокоенностью. Некоторые, не дожидаясь массовых увольнений, сами уходили в отставку. Многие были уверены, что на ключевые места будут назначены выходцы из Санкт-Петербурга. Действительно, должности в коллегии ФСБ получили генералы Виктор Черкесов, Сергей Иванов, Александр Григорьев, бывшие сослуживцы Путина по Ленинграду, а в октябре 1998 года заместителем Путина стал Николай Патрушев.
Вскоре после назначения Путин дал интервью газете "Коммерсант". Он утверждал, что существенных изменений численности ФСБ не будет. В качестве приоритетного направления работы назвал экономическую безопасность, отметив также значение противостояния иностранным разведкам, развития компьютерных разработок и совершенствования антитеррористических спецподразделений. Путин также не одобрил идею министра внутренних дел Сергея Степашина о необходимости слияния МВД и ФСБ. В интервью Путина было упомянуто дело находящегося "в изгнании" во Франции Анатолия Собчака. По мнению директора ФСБ, на тот момент ничто не мешало возвращению Собчака в Россию. Журналисты отмечали, что находившийся под следствием Собчак был единственным, кто публично одобрил назначение Путина главой ФСБ. Вероятно, Собчак и его супруга Людмила Нарусова рассчитывали, что Путин поможет привести дело к благополучному для бывшего мэра исходу. Собчак утверждал, что возбужденное против него дело – возможная провокация против его "ученика". Нарусова же заявила, что участники следственной группы Генпрокуратуры, занимающейся делом ее мужа, связаны с преступным миром и данные об этом ей якобы предоставил сам Путин. Однако Путин сообщил, что никакими подобными сведениями его служба не располагает. Ходили слухи, что отлет Собчака во Францию был организован Путиным, но сам он это отрицал. По мнению журналистов, связи с Собчаком были серьезной угрозой для репутации Путина, и ему приходилось "отбиваться" от неприятных вопросов, связанных с бывшим мэром. В начале 2000 года, незадолго до смерти Собчака, Путин в интервью сообщил, что преследование Собчака было инициировано Александром Коржаковым и Олегом Сосковцом и что против бывшего мэра "играли очень грязно".
В сентябре 1998 года Путин участвовал в заседании совета руководителей органов безопасности и спецслужб стран СНГ в Киргизии. Встреча была посвящена вопросам противостояния терроризму и религиозному экстремизму.
Одним из направлений работы Путина стало противодействие сложившейся тенденции, в рамках которой мэр Москвы Юрий Лужков и губернатор Санкт-Петербурга Яковлев оказывали все большее влияние на региональных руководителей ФСБ.
В ноябре 1998 года, выступая в Государственной Думе, Путин сообщил о фактах коррупции в различных органах власти и принятых по этим фактам мерах: возбуждении дел против сотрудников Госкомстата, Государственной инвестиционной корпорации, Московского инвестиционного банка и других структур. Директор ФСБ заявил: "Мы сделаем все для того, чтобы вернуть в лоно государства те ресурсы, те объекты собственности государственной, которые государству должны принадлежать".
На посту директора ФСБ Путин занимался рядом громких дел. В сфере его деятельности оказался скандал вокруг антисемитских высказываний депутата Госдумы Альберта Макашова. В ноябре 1998 года Путин просил Генпрокуратуру лишить Макашова депутатской неприкосновенности. Путин утверждал, что необходимо не просто привлечь к ответственности Макашова, но и законодательно установить механизм пресечения деятельности экстремистских политических организаций. В декабре 1998 года Путин вошел в состав попечительского совета Международного фонда защиты от дискриминации. Директор ФСБ лично принимал участие в расследовании крупного коррупционного скандала в Свердловской области, разгоревшегося в начале 1999 года вокруг связей между ГУВД Екатеринбурга и организованными преступными группировками. Участвовал в расследовании террористического акта во Владикавказе 19 марта 1999 года. Уделял повышенное внимание ходу дел об убийствах в Санкт-Петербурге Михаила Маневича и Галины Старовойтовой.
1 декабря 1998 года Путин вошел в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.
В ноябре 1998 года большой резонанс получил скандал, связанный с именем Бориса Березовского. Группа офицеров ФСБ выступила по телевидению и заявила, что руководство службы якобы подстрекало их к убийству исполнительного секретаря СНГ Березовского. 13 ноября в газете "Коммерсант" было опубликовано открытое письмо Березовского, в котором он сообщил о существовании внутри спецслужбы "некоего заговора партноменклатуры, покрывающей преступников", о начале гонений на "людей, не согласных идти в стойло". Хотя эпизод с подстрекательством относился ко времени руководства предшественника Путина, Ковалева, новый директор ФСБ отреагировал на заявление Березовского крайне жестко. Он заявил, что его служба не участвует ни в каких политических играх и, напротив, защищает в рамках закона конституционный строй и безопасность личности, общества и государства. Путин осудил вмешательство любых политических сил в работу ФСБ, которая, по его словам, должна направляться только президентом. Любые попытки подобного вмешательства директор ФСБ расценил как дестабилизирующие обстановку в стране.
Скандал поставил под угрозу репутацию Путина и его ведомства. Свою обеспокоенность сложившейся ситуацией на встрече с Путиным высказал президент. Путин после этого заявил: "В случае подтверждения сведений о преступной деятельности наших сотрудников, независимо от званий и должностей, мы безжалостно избавляемся от них и передаем материалы в прокуратуру".
Скандал вокруг заявления офицеров ФСБ журналисты связывали с подковерными процессами борьбы за власть. Резкое выступление Путина против Березовского объясняли скрытой кампанией по "выдавливанию" исполнительного секретаря СНГ из политики и бизнеса. Березовский со своей стороны, по мнению журналистов, также вел войну за власть, первой жертвой которой должен был стать Путин, а конечной целью – премьер-министр Евгений Примаков. Предшественник Путина Ковалев утверждал, что Березовский с помощью скандала продолжает попытки подорвать влияние ФСБ. Эти попытки якобы начались в бытность Березовского заместителем секретаря Совета безопасности, когда он пытался создать подконтрольную СБ спецслужбу, во главе которой должен был встать Александр Литвиненко – один из офицеров, впоследствии выступивших со скандальным заявлением. Журналисты пришли к выводу, что из противостояния Путин вышел победителем: Березовский был смещен с поста исполнительного секретаря СНГ, а полковник Литвиненко арестован по обвинению в применении противозаконных методов оперативной работы.
Еще в октябре 1998 года Путин был введен в состав Совета безопасности РФ в качестве постоянного члена, а с марта по август 1999 года занимал пост секретаря этой структуры.
В числе претендентов на этот пост, который ранее занимал Николай Бордюжа (чуть раньше он был также уволен с поста главы президентской администрации), фигурировали Сергей Кириенко и Виктор Черномырдин. После того как ни с одним из них не удалось достичь приемлемой для Кремля договоренности, круг кандидатур ограничился руководителями силовых ведомств. Как полагают журналисты, выбор из их числа делался по принципу наименьшей лояльности кандидата премьер-министру Примакову. Именно из-за близости к Примакову была отвергнута кандидатура директора СВР Вячеслава Трубникова. Путин же за время премьерства Примакова, напротив, ориентировался на подчинение не главе правительства, который пытался контролировать работу "силовиков", а Кремлю. Таким образом, причиной карьерного роста Путина вновь стали его "чекистская" осторожность и преданность Ельцину. Существовало мнение, что назначением Путина Ельцин пытался уравновесить выдвижение на пост главы администрации Александра Волошина, которого считали человеком Березовского. Многие наблюдатели сходились в том, что с новым назначением Путин ощутимо расширил свое влияние, получив дополнительные рычаги контроля над силовыми ведомствами, и это позволило журналистам говорить о значительном повышении его статуса как самостоятельного политика.
В остальном, новое назначение Путина привело наблюдателей к различным умозаключениям. Одни полагали, что следует ожидать скорого слияния СБ и ФСБ. Другие считали, что Путин недолго будет совмещать две должности, и даже называли его возможным преемником в качестве главы ФСБ все того же Трубникова. Третьи вели речь о снижении политического веса Совета безопасности. Четвертые полагали, что Путину вообще грозит скорое увольнение, так как он будет не в силах справиться с теми задачами, с которыми столкнется на новом посту. Сам Путин, вступив в должность, заявил, что не планируется изменений в руководстве ФСБ, а также в деятельности и структуре Совета безопасности.
Противостояние Кремля с премьером, коммунистами в парламенте и генеральным прокурором Юрием Скуратовым и, в добавление к этому, ситуация в Чечне, кризис на Балканах и борьба с политическим экстремизмом – вот чем должен был заняться Путин и в чем не достиг успеха его предшественник Бордюжа. Коммунисты в Думе пытались повернуть против Ельцина волну антиамериканских настроений из-за югославского кризиса и вынашивали планы импичмента президента. Позиции коммунистов были усилены тем, что в правительстве Примакова левые получили значительное представительство на ключевых постах. Два преданных Ельцину "силовика" - Путин и Степашин – должны были стать опорой Кремля в противостоянии с Думой и Примаковым. Как утверждают журналисты, именно на них возлагалась задача в конце концов "раздавить" Скуратова, который обнародовал множество компрометирующих материалов против Кремля и сам стал фигурантом громкого скандала. Путин и Степашин столкнулись с оппозицией даже внутри собственных ведомств, и им пришлось прибегнуть к кадровым перестановкам. Так, именно с деятельностью оппозиционной, находившейся под влиянием Примакова, фракции внутри ФСБ журналисты связывали выдачу в апреле Генеральной прокуратурой ордера на арест Березовского за финансовые махинации: всем было известно о "войне" Березовского с Примаковым.
Во время пребывания Путина на посту секретаря Совета безопасности на заседаниях под его руководством обсуждался ряд тем. Во-первых, ситуация в Северокавказском регионе, в частности в Чечне; в мае 1999 года, уже после утверждения Степашина на посту премьер-министра, Путин стал инициатором президентского указа, который увеличил роль подразделений ФСБ на Северном Кавказе. Во-вторых, рассматривались перспективы российско-белорусского сотрудничества в области безопасности. В-третьих, речь шла о развитии ракетно-ядерного потенциала России перед лицом установившейся в мире гегемонии США, которая была продемонстрирована в ходе югославского кризиса.
Именно ситуация на Балканах стала темой заседания Совбеза в день отставки премьера Примакова 12 мая. Комментарий Путина был достаточно резким: "Россия не удовлетворится ролью технического курьера в югославском кризисе, который будет лишь перевозить предложения из одной страны в другую… Происходит односторонняя попытка слома того миропорядка, который был создан после Второй мировой войны под эгидой ООН. Мы должны отреагировать на этот вызов и в концепции национальной безопасности". Ситуацию на Балканах и вопросы российско-американских отношений в области безопасности Путин неоднократно обсуждал по телефону "горячей линии" с помощником президента США по национальной безопасности Сэмюэлем Бергером. После одного из заседаний Совбеза в июне Путин заявил, что в том, что балканский кризис вступает в фазу политического урегулирования, - неоценимая заслуга России. Путин также занимался вопросами российского участия в миротворческой деятельности в Косово.
В июне 1999 года ходили слухи о том, что Путин сменит Волошина на посту главы президентской администрации. В начале августа пресса писала о двух возможных сценариях: предполагалось, что Ельцин отправит в отставку либо Волошина, либо Степашина, и Путин рассматривался как возможная замена в обоих случаях.

Премьер-министр, исполняющий обязанности президента (1999-2000)

9 августа 1999 года Путин был назначен исполняющим обязанности председателя правительства Российской Федерации, на этом посту сменил отправленного в отставку Сергея Степашина. Кроме того, Ельцин в телевизионном обращении представил Путина как своего преемника на президентском посту. Путин тут же заявил о твердом намерении баллотироваться в президенты в 2000 году.
На первом заседании правительства, проводимом под его председательством, Путин сообщил, что отставка Степашина обусловлена не "негативной оценкой действий премьера и правительства, а желанием президента в преддверии выборов в Госдуму, выборов президента, а также в связи с обострением ситуации на Кавказе изменить внутриполитическую конфигурацию в стране". Необходимость изменения "внутриполитической конфигурации" объясняли существовавшим внутри правительства противостоянием между Степашиным и первым вице-премьером Николаем Аксененко. В правительстве Путина влияние Аксененко, который играл роль главного представителя президентской "семьи" в кабинете, должно было сойти на нет.
Новое правительство должно было обеспечить спокойную подготовку к президентским выборам. Кроме того, отставку премьера связывали с предстоящими в 1999 году парламентскими выборами: Степашин не смог ничего противопоставить объединению "Отечества" и "Всей России" и отказался от идеи собственного участия в этом блоке. Значительное усиление созданного Лужковым "Отечества" началось еще в январе, параллельно шло создание губернаторских блоков, в апреле Ментимером Шаймиевым была создана "Вся Россия" - объединение этих сил представляло для Кремля серьезную угрозу.
Наблюдатели отмечали, что очередная смена правительства могла стать для Ельцина опрометчивым шагом: новому премьеру сложно было за оставшееся время добиться поддержки избирателей. Согласно сообщениям прессы, об опасности подобной перестановки Ельцина предостерегал и Чубайс. В день назначения Путин заявил о намерении обеспечить преемственность политики нового кабинета по отношению к прежнему курсу правительства. Преемственность должна была сохраняться как в экономической политике, так и касательно принятых Степашиным решений по стабилизации ситуации в Дагестане. Тем не менее, журналисты в качестве одного из возможных сценариев предсказывали серьезное ужесточение политики в этом регионе и внутренней политики вообще, вплоть до введения в стране чрезвычайного положения и отмены ближайших президентских выборов. Сам Путин назвал подобные предположения "инсинуациями".
Так или иначе, в Путине видели "твердую руку", которая должна была завоевать симпатии российских избирателей. Эту роль прочили еще Степашину, которого даже сравнивали с Аугусто Пиночетом, но он оказался слишком "слабым". По мнению журналистов, приоритеты нового главы правительства выстраивались в следующем порядке: лояльность Кремлю, затем силовые меры и только потом экономика.
По словам Путина, он осознавал, что вступление в должность главы правительства в столь сложный период может стать концом его карьеры, но считал своим долгом сделать все возможное, чтобы наказать "этих бандитов". Когда журналисты спросили его, как бы он отнесся к своей скорой отставке, Путин ответил: "Значит, не справились".
В целом, период работы Путина во главе правительства проходил под знаком кавказской политики. Назначение состоялось на фоне вторжения боевиков в Дагестан, а в сентябре федеральные войска были направлены в Чечню. В это же время в России произошла серия взрывов жилых домов, вина за которые была возложена на чеченских сепаратистов. В обществе ходили слухи о том, что на самом деле взрывы были произведены спецслужбами для оправдания решительных действий против Чечни (решение о войсковой операции в Чечне было принято именно после взрывов). Путин назвал подобные предположения "бредом собачьим".
10 августа на заседании Федеральной антитеррористической комиссии Путин заявил, что период наведения порядка в Дагестане продлится две-три недели, а затем последуют согласованные с руководством республики меры по стабилизации местной власти. На следующий день Путин сообщил, что не видит необходимости вводить чрезвычайное положение в захваченных боевиками районах Дагестана, а также пообещал уничтожить "международный сброд", осуществивший террористическую акцию. Значительное внимание было также уделено вопросам материального обеспечения военнослужащих.
По мнению наблюдателей, Путину удалось не только провести эффективную операцию в Дагестане, но и положить конец депрессии, охватившей армию после распада СССР - премьер поставил перед войсками амбициозную цель по возвращению Чеченской республики под контроль федерального центра. В результате, в короткий срок войска заняли 80 процентов территории Чечни. Путин подчеркивал, что государство действует в интересах чеченского народа, который поддерживает Москву и должен быть освобожден от "преступного режима".
Критики видели большой риск в ставке, сделанной Путиным на порядок и дисциплину: в качестве исторической аналогии приводили политику Юрия Андропова, оказавшуюся неэффективной. Тем не менее, именно действия в Чечне обусловили значительный рост популярности Путина в стране (его предвыборный рейтинг превысил 50 процентов), и именно с чеченской политикой связывали исход парламентских выборов 1999 года.
Парламентские выборы были удачными для Путина. Второе место по числу полученных голосов занял проправительственный блок "Единство" (его отрыв от лидера - КПРФ - составил менее одного процента), значительную поддержку получил "Союз правых сил", также заявивший о поддержке кандидатуры Путина на пост президента. Коммунистическая оппозиция, напротив, лишилась абсолютного большинства в Думе. Наблюдатели связывали успех "Единства" и СПС с личной популярностью Путина, тем более что "Единство" во главе с Сергеем Шойгу было создано незадолго до выборов, а СПС не называли в числе основных фаворитов. По словам журналистов, власть бросила все имеющиеся силы на продвижение "Единства". Возглавляемый Примаковым и Лужковым блок "Отечество – Вся Россия" на парламентских выборах показал значительно худший результат, чем "Единство" и КПРФ. Это было особенно важно, поскольку Примаков и Лужков считались политиками, способными составить Путину конкуренцию в борьбе за президентское кресло.
31 декабря 1999 года президент Ельцин досрочно ушел в отставку, и Путин стал исполняющим обязанности президента РФ. Первым документом, подписанным Путиным в новом ранге, стал указ о материальных и иных гарантиях его предшественнику, вызвавший значительное недовольство левой оппозиции.
Подводя итоги 1999 года, журналисты отмечали, что результаты парламентских выборов и утверждение Путина в роли преемника президента привели к значительной стабилизации обстановки в стране. В числе стоящих перед Путиным вопросов называли слабость национальной экономики, неприятие его политики Западом и произошедший в Чечне переход инициативы от федеральных войск к сепаратистам. Сам Путин, описывая свои ощущения от работы на посту исполняющего обязанности президента, заявил о своем "удовлетворении", которое приносило ему "приятное чувство ответственности".

Первый президентский срок (2000-2004)

В 2000 году Путин впервые в жизни баллотировался на выборный пост. В этой связи наблюдатели вспоминали одно из его интервью, данное двумя годами раньше. Тогда Путин, говоря о своем нежелании участвовать в выборах, объяснял это тем, что в ходе предвыборной кампании кандидат вынужден давать невыполнимые обещания, а следовательно, либо не отдавать себе отчета в смысле собственных слов, либо намеренно лгать. Внимание также привлекала карьера Путина. Его сторонники указывали на период его работы в администрации Собчака как на свидетельство его приверженности реформам. Противники, в частности Григорий Явлинский, напротив, акцентировали внимание на работе Путина в советских спецслужбах и представляли его приверженцем старого политического строя и его методов.
В ходе избирательной кампании Путина была опубликована книга "От первого лица. Разговоры с Владимиром Путиным". В одном из интервью, включенных в эту книгу, в качестве возможного пути решения стоящих перед Россией задач Путин назвал монетизацию льгот, в будущем – наиболее непопулярный элемент его политики. В целом же, у Путина не было политической платформы как таковой. Еще в 1999 году, в начале своего премьерства на вопрос о его политической платформе как кандидата в президенты Путин ответил: "Главная моя задача - чтобы стало лучше жить народу. А политическую платформу выработаем потом". Позднее, в 2001 году, отвечая на вопрос о том, какой он видит Россию в 2010 году, Путин сказал: "Мы будем счастливы".
В период перед выборами, по мнению критиков, руководство страны старалось навязать избирателю идею об отсутствии альтернативы Путину, и именно с этой целью он был назначен исполняющим обязанности президента. Согласно результатам социологических опросов, за Путина намеревались голосовать не только приверженцы "Единства" и СПС, но и некоторые сторонники КПРФ и "Яблока" - хотя лидеры этих партий также принимали участие в выборах. Предстоящие выборы, как полагали наблюдатели, должны были по сути стать легитимизацией уже существующего "режима Путина".
26 марта 2000 года Путин был избран президентом РФ, одержав победу в первом туре выборов, и вступил в должность 7 мая 2000 года. В своей инаугурационной речи Путин уделил главное внимание необходимости сохранить единство страны и укрепить государство. Именно с этой задачей был связан один из наиболее значительных шагов Путина во время его первого срока - реформа федеративного устройства страны. В 2000 году были созданы семь федеральных округов и назначены полномочные представители президента в каждом из них. По словам Путина, этот шаг был направлен на устранение угрозы распада России. По мнению критиков, реформа оказалась не вполне удачной: одним из ее результатов стала развернувшаяся борьба за власть между полпредами и главами субъектов федерации. Кампания по усилению централизации в государстве получила продолжение позднее - после переизбрания Путина в 2004 году.
В марте 2001 года Путин провел первую кадровую перестановку в правительстве. На посту министра обороны маршала Игоря Сергеева сменил Сергей Иванов. После этого, анализируя состав правительства и президентской администрации, наблюдатели выделяли две основных фракции: представителей бывшего окружения Ельцина во главе с Волошиным и выходцев из Санкт-Петербурга, пришедших во власть вместе с Путиным. Говорили также о группах "силовиков" и экономистов-реформаторов.
Важную роль во время первого срока Путина играло развитие отношений между властью и так называемыми олигархами - крупными бизнесменами, имевшими рычаги влияния на политику страны. По мнению наблюдателей, в 2000 году Путин заключил с олигархами неофициальное соглашение: Кремль обязался уважать их права собственников, а они должны были поддерживать политический курс Кремля. Еще в 1999 году, когда у Путина, вступившего на пост премьера, журналисты спросили о его отношениях с олигархами, ответ был таков: "Ни с кем из олигархов я не ссорился". Между тем уже в 2000 году началось противостояние между Путиным и Березовским. Березовский некогда, как полагают журналисты, принимал участие в продвижении Путина в качестве преемника Ельцина: якобы при подготовке к президентским выборам ключевую роль сыграло подконтрольное Березовскому государственное телевидение. Теперь же Березовскому пришлось разрабатывать проект оппозиции "авторитарной власти" Путина.
За Березовским последовал Владимир Гусинский. Этот олигарх был вытеснен из медиабизнеса, и государство постепенно установило полный контроль над центральным телевидением России. По мнению западных наблюдателей, путем жестких мер в отношении российских СМИ Путин дал понять, что последнее слово по поводу таких принципиальных вопросов, как война в Чечне, всегда будет оставаться за президентом.
Третьим в ряду опальных олигархов стал Михаил Ходорковский. Фактически, глава компании "ЮКОС" стал соперничать с Кремлем, оказывая финансовую поддержку крупнейшим оппозиционным силам: от "Яблока" до КПРФ. Более того, Ходорковский на встрече предпринимателей с президентом открыто бросил вызов Путину, подняв тему государственной коррупции в нефтегазовой области. В итоге 25 октября 2003 года опальный олигарх был арестован по обвинению в уклонении от налогов и мошенничестве. Дело Ходорковского и "ЮКОСа" оставалось одним из самых громких новостных поводов и во время второго президентского срока Путина. 31 мая 2005 года суд над Ходорковским завершился, и под неумолкающие протесты оппозиции и зарубежных критиков бывший олигарх был приговорен к девяти годам лишения свободы. 22 сентября 2005 года срок был сокращен на один год.
Жесткую политику в отношении олигархов многие наблюдатели считали рискованной, поскольку именно крупный бизнес играл значительную роль в экономическом развитии страны. Тем не менее экономические успехи России в первый президентский срок Путина наблюдатели считают впечатляющими. Средний годовой прирост ВВП составлял 6,5 процента, наблюдался профицит бюджета и внешней торговли, внешний долг уменьшился с 50 процентов ВВП до 30, выросли валютные резервы. Прекратилось бегство капиталов, повысилось благосостояние населения. Одной из основных причин этих достижений называют исключительно высокие цены на нефть, однако значительную роль также сыграли внешне- и внутриполитические усилия Путина.
Во внешней политике Путину удалось укрепить отношения с Европейским Союзом и США, развить сотрудничество с НАТО, подготовить Россию к вступлению в ВТО.
Ключевую роль в этот период играли двусторонние отношения с США. Доброжелательные отношения между Путиным и Джорджем Бушем-младшим завязались во время их первой встречи в Любляне в июне 2001 года, после которой Буш сообщил, что увидел "душу" президента России и что Путину можно доверять. В дальнейшем двум сторонам удалось достичь согласия в отношении американских планов создания НПРО, уравновесив их продолжением переговоров по сокращению ядерных вооружений.
После террористических актов 11 сентября 2001 года Путин занял проамериканскую позицию. Сразу после терактов он предложил США помощь России, а в мае 2002 года два президента подписали в Москве договор о сокращении стратегических наступательных потенциалов, ставший поворотной вехой в развитии двусторонних отношений в области контроля над вооружениями. За подписанием этого договора последовало соглашение о создании нового Совета Россия-НАТО, в котором страны альянса и РФ должны иметь равные голоса в вопросах противостояния терроризму и другим угрозам безопасности.
Войну 2003 года в Ираке Россия не поддержала, однако, по мнению наблюдателей, Москве удалось занять осторожную позицию и избежать фатального разрыва отношений с Вашингтоном. В результате двусторонние отношения с США в целом развивались в позитивном русле.
Исследователи говорили о том, что Путин принял стратегическое решение и изменил внешнеполитический курс России, направив его на сближение с США и Западом в целом. По мнению исследователей, внешнеполитическая деятельность Путина характеризовалась энергичностью и прагматизмом, позволила укрепить международные позиции России и завоевать благосклонность Запада: в частности, уменьшился объем критики в адрес российских действий в Чечне. Тем не менее, именно Чечня оставалась основным поводом для критики России из-за рубежа. Кроме того, западные политики и СМИ упрекали российского президента в "сворачивании демократии".
Во время первого президентского срока Путину неоднократно приходилось сталкиваться с масштабными общественными кризисами. В августе 2000 года произошла катастрофа подводной лодки "Курск" в Баренцевом море, в результате чего погибли 118 человек. Во время этого кризиса репутация Путина серьезно пострадала. Получив информацию об аварии на АПЛ, Путин не пожелал прервать отпуск и прибыть к месту происшествия. Еще большее недовольство президент вызвал своей репликой во время интервью, данного американскому телеведущему Ларри Кингу 8 сентября. На вопрос о судьбе подлодки Путин с улыбкой ответил: "Она утонула".