В 1963—1965 годы в Архангельском соборе Кремля производилось вскрытие гробниц царя Ивана Грозного и его сыновей — Федора и Ивана. Сам Иван Грозный еще при жизни завещал похоронить себя в дьяконнике алтаря — святыне собора, видимо, желая подчеркнуть свою особую роль первого русского царя-самодержца. Сверху гробницы Ивана Грозного находится сделанный в начале XX века медный кожух с чехлом и именем, под ним — кирпичное надгробие, под ним — вырубленный из цельного известняка саркофаг, полукруглый в изголовье и несколько расширяющийся соответственно положению плеч покойного. Саркофаг закрыт белокаменной плитой, на которой красивой вязью XVII века сделана надпись — имя погребенного и даты его жизни и смерти. Рядом — саркофаги его ранее похороненного сына Ивана и сына Федора. Это были последние представители рода Ивана Калиты, правившие Русской землей в течение 300 лет. Дом Калиты гордился своей родословной, которую они выводили от легендарного Рюрика; в 1598 году со смертью царя Федора Иоанновича род этот прервался...

Многие события из жизни Ивана IV, состояние его здоровья в последние годы и причина смерти до сих пор неясны, хотя написано об этом очень много. Историки в свое время даже спорили о дате смерти грозного царя, так как летописи довольно скудно говорят о том, что царь умер 19 марта 1584 года. А Псковская летопись называет датой его смерти 18 марта. Прежде последнюю дату считали ошибочной, но на надгробной плите саркофага указан именно день 18 марта: Иван Грозный умер к вечеру, и весть о его кончине распространилась только на другой день.

Умер он внезапно, в припадке ярости, которую нарочно вызвал один из его приближенных. В «Записках» английского дворянина Д. Гарсея сказано, что за игрой в шахматы (или шашки) Иван Грозный вдруг «ослабел и повалился навзничь. Произошло большое замешательство и крик, одни посылали за водкой, другие — к аптекарям... за духовником и лекарями. Тем временем царь испустил дух и окоченел».

Над умершим самодержцем был совершен обряд пострижения, на труп надели монашескую схиму и нарекли покойного Ионой. Так была исполнена воля Ивана Грозного, желавшего принятием монашеского сана искупить грехи и мерзости своей жизни.

Вскрытие царской гробницы велось в научных целях, чтобы по черепным костям восстановить облик Ивана Грозного, поэтому участвовали в нем сотрудники кремлевских музеев, Института судебно-медицинской экспертизы и других научных учреждений под руководством М.М. Герасимова — археолога, антрополога и скульптора. В результате исследования выяснилось также, что и раньше предпринимались попытки вскрыть царские гробницы, отчего левая ступня Ивана Грозного была задета. Но кем и когда это было сделано — сейчас точно сказать невозможно.

Схима, в которой похоронили Ивана IV, за четыреста с лишни лет настолько истлела, что при малейшем прикосновении к ней рассыпалась, а местами сохранились только ее контуры по швам. Изымать такую «одежду» ученым приходилось, лишь подкладывая под нее плотные листы бумаги. В саркофаге находилось большое количество гумуса (черно-бурого порошкообразного тлена), содержащего частицы ткани одеяния и мелких тканей покойного. Череп царя был слегка повернут влево, основание его и левая височная кость оказались хрупкими и легко крошились. Необычно располагались кости правого предплечья: они были согнуты в области локтевого сустава таким образом, что концы пальцев как бы соприкасались с нижней челюстью... В основном же кости скелета Ивана Грозного сохранились довольно хорошо, и ученые, судя по ним, пришли к выводу, что царь обладал большой физической силой.

В изголовье саркофага стоял стеклянный кубок с густой жидкостью желто-бурого цвета и плотной массой на дне. В этой массе (как и в гробах сыновей Ивана Грозного) ученые обнаружили хитиновые скелеты мух и жуков-жужелиц, которые могли заползти в негерметично закрытые саркофаги. Особенно прекрасной работы был голубой кубок, который стоял в одном из углов саркофага. Неизвестны были ни место, ни время изготовления этого кубка, ни повод или событие, с которыми он был связан. И началась кропотливая работа ученых по установлению истории кубка, который представляет собой стакан на ножке общей высотой 18 сантиметров. Расписан он золотом и эмалями в четыре цвета (красный, желтый, зеленый и белый). Само стекло кубка синее — прозрачное в средней части и едва просвечивающее внизу.

В результате исследований было установлено, что кубок связан с придворной мастерской Рудольфа II — сначала эрцгерцога Австрийского, а затем императора Священной Римской империи. Видимо, это был подарок, так как связи Ивана Грозного и Рудольфа II были очень живыми и тесными, особенно во время подготовки к переговорам со Стефаном Баторием.

Кубок сделан из венецианского стекла, поэтому он легок и изящен, в руках быстро теплеет, и синий цвет его напоминает цвет сапфира. А камень этот, как отмечали русские лечебники, делает «человека спокойным, честным, набожным и милосердным». Иван Грозный, по сведениям упоминавшегося выше Д. Гарсея, очень любил сапфиры, называл их «покровителями милосердия и врагами порока». Золотая полоска по краю кубка местами стерлась, как это бывает от частого использования. Вероятно, подарок нравился русскому царю, и в день погребения чья-то рука поставила кубок рядом с покойным...

Останки сыновей Ивана Грозного — убиенного царевича Ивана и царя Федора Иоанновича — были завернуты в шелковые покрывала из камки и спеленаты тесьмой. Годы правления царя Федора Иоанновича казались временем тихим и безмятежным: царь ни во что не вмешивался, ездил на богомолья, отстаивал долгие церковные службы и даже звонил на колокольнях. Он и слыл царем «освятованным», готовящимся к кончине и будущей вечной жизни. Казалось, он должен был бы перед кончиной постричься в монахи, а он лежит в гробу в мирском платье — в кафтане, подпоясанном ремнем. Видимо, внезапная кончина помешала царю вступить на дорогу вечного блаженства, что отчасти подтверждается и надписью на его гробнице. Она гласит, что царь Федор Иоаннович умер 6 января 1598 года, а похоронен 8 января. Надпись делал искусный резчик, все буквы вырезаны красиво и четко, но мастер, видимо, торопился и не докончил букву «б» в слове «благочестивый». И получился царь названным «глагочестивым». Недостало времени и для подбора дорогого кубка для миро, и в гробнице царя был установлен неприлично простой для царственной особы кубок.