Агван Доржиев (1853–1938) сыграл важную роль в истории буддийской церкви в России. Он родился в Бурятии. Получив блестящее богословское образование в Тибете и Монголии, стал одним из учителей Далай-ламы XIII? и его доверенным лицом. Несколько раз встретившись с императором Николаем II, Агван Доржиев получил высочайшее согласие на строительство буддийского храма в Петербурге. Доржиев был инициатором сближения Тибета и России. Он постоянно разъезжал между этими странами, Монголией и Китаем с дипломатическими поручениями, побывал в Индии, на Цейлоне, в Японии, Германии, Италии, Великобритании.

Во французском Музее восточных культур Гиме он провел первое во Франции буддийское богослужение. На нем присутствовал Иннокентий Анненский, впоследствии написавший об этом стихи, которые вошли в «Кипарисовый ларец». А его гидом по Парижу был другой русский поэт – Максимилиан Волошин. Будучи фактически первым министром двора Далай-ламы XIII, Доржиев всюду его сопровождал, служил молебны, заведовал финансами страны. Помимо этого он основал несколько дацанов и школ в Калмыкии и Бурятии, открыл издательство в Петербурге и типографию в Ацагате. Строительство храма в российской столице началось в 1909 году в Старой деревне, за Черной Речкой. Работами руководил строительный комитет, в который входили академики В.В.Радлов и С.Ф.Ольденбург, князь Э.Э.Ухтомский, приват-доценты В.Л.Котвич, А.Д.Руднев, Ф.И.Щербатской, тибетский врач П.Бадмаев, путешественники П.Козлов и Д.Клеменц, калмыцкие князья Дугаровы, Тумэны и Тундутовы, архитектор Г.В.Барановский, инженер Н.М.Березовский, художники Н.К.Рерих и В.П.Шнейдер.

Буддийская архитектура Забайкалья была подвержена влиянию монгольской и китайской традиций. Санкт-петербургский храм строился в полном соответствии с тибетским архитектурным каноном. В 1913 году в храме прошла первая служба, посвященная 300-летию династии Романовых. Церемония освящения храма состоялась в 1915 году, на ней присутствовали представители правительств Николая II, Далай-ламы XIII, сиамского короля Рамы IV и монгольского Богдо-хана.

После революции Агван Доржиев полностью отдает себя политической и религиозно-реформаторской деятельности в Советской России. В 1919 году храм подвергся разграблению красноармейцами: пропали сотни бронзовых и позолоченных бурханов, серебряные жертвенные чаши, вазы, мебель, дверные ручки, шпингалеты, драпировка из китайской парчи, личные вещи лам, разбита статуя Будды, сожжены уникальная библиотека тибетских манускриптов и огромный архив Агвана Доржиева, посвященный взаимоотношениям России, Тибета, Англии и Китая, собиравшийся на протяжении 30 лет. Доржиеву удалось реставрировать храм, не смотря на царившую в стране разруху. Как и до революции, он находился в постоянном диалоге с властью. Теперь его собеседниками были не Николай II и министр Извольский, а Ленин с Луначарским. Но речь шла все о том же: о свободе вероисповедания, культурном строительстве и их необходимости для процветания государства и его граждан.

В 1929 году деятельность буддийской церкви Забайкалья была запрещена новым антирелигиозным законом. В 1935 году преследования буддийского духовенства начались и в Ленинграде. В 1937 году в результате арестов и расстрелов буддийская община при храме перестала существовать. В ноябре 1937 года 85-летний Агван Доржиев был арестован в Бурятии. Он скончался в 1938 году в тюремной больнице города Улан-Удэ. В этом же году Ленинградский буддийский храм был закрыт, и его здания стали занимать различные учреждения: физкультурная база, радиостанция (именно отсюда шло вещание на осажденный Ленинград, когда была разрушена станция в Колпине), лаборатории Зоологического института. В 1990 году храм был возвращен верующим.