Став сёгуном, Ёритомо основал свой центр военного командования, известный как полевая ставка или палаточный штаб (бакуфу), в Камакура. Он конфисковал поместья семьи Тайра и их сторонников, назначил в каждую провинцию губернаторов/протекторов (сюго), а также поместных начальников (дзито), создав таким образом финансовую систему, позволяющую содержать регулярные военные силы и поддерживать их боеспособность. Период правления военного правительства, основанного Ёритомо, получил название Камакурского сёгуната (1185-1333 гг). Система землевладения, при которой существовала следующая связь: владелец – управляющий – арендатор – работник, стала более военизированной. Члены новых объединений, контролируемые различными кланами, должны были практиковаться с использовании различных видов оружия. К тому же лидеры гарантировали себе привилегии, ставшие со временем нерушимыми. После смерти Ёритомо в 1199 году власть Минамото перешла к семье Ходзё, члены которой ранее были вассалами Тайра. Они явили себя искусными государственными деятелями, реорганизовав порядок престолонаследия и правила избрания чиновников, также члены этой семьи перераспределили конфискованные земли, реформировали механизмы управления и сбора налогов, развили культуру и искусство, а также способствовали распространению школы Дзен. Помимо этого Ходзё сплотили кланы для отражения монгольского нашествия в 1274 и 1281 годах, что сильно опустошило казну. Это повлекло очередную реформу: торговцам было запрещено требовать долги с воинского сословия; также чиновники присвоили себе земли, объявив себя их владельцами, а сильные землевладельцы расширяли свои поместья за счёт более слабых соседей. В этот период смуты император Годайго попытался объединить недовольных феодалов против ставки в Камакура и в 1334 ему удалось в некоторой степени восстановить императорскую власть (не без помощи Такаудзи из клана Асикага). Однако на следующий год Такаудзи изгнал императора из Киото, посадил на трон его конкурента и установил свою диктатуру (сёгунат Асикага, 1336-1568 гг.) Такие события повлекли за собой новый виток междоусобиц, когда Южная династия императора Годайго противостояла Северной династии марионеточного императора Такаудзи. В провинцияв в свою очередь возникали локальные очаги власти. В эту эпоху преданность каждого члена клана своему непосредственному начальству была лишь бледной тенью того, чем она стала позднее.

Тем не менее многие западные наблюдатели оставили описания «нечестивого» поведения японцев – они предавали своего господина, возвращались к нему и снова предавали; также отмечались общая склонность к грабежам, шантажу и крайней жестокости. И вот на пике этого общенационального хаоса, в течение эпохи, отмеченной появлением первых европейцев (1543 г.) и последующим распространением огнестрельного оружия (танэгасима тэппо, или железные прутья из Танэгасима), появились три человека, обладающие значительно большей политической дальновидностью и решительностью, чем их соотечественники: Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. Иэясу провозгласил себя сёгуном в 1603 г., но в 1605 г. номинально отказался от власти в пользу своего сына, подчеркнув тем наследственный характер власти дома Токугава. Его клан, установивший в стране военную диктатуру, на протяжении 267 лет определял курс японской истории вплоть до того момента, когда в 1868 году власть была номинально возвращена императору, после чего Япония начала быстрый, но мучительный переход от феодального строя к современному развитому государству. Иэясу получил «в наследство» хоть и истощённую, но хорошо укреплённую Японию: по всей стране пестрели замки и форты всех видов и размеров, которые сооружались везде где только можно было – каждый стратегически важный участок был хорошо укреплён. Более подробно о строении, назначении и внутренних сооружениях японских замков Вы можете прочитать в статье Архитектура японских замков. В этой обширной сети из укреплений, управляемых независимыми воинственными кланами, обитали простолюдины, которые во всех отношениях были невольниками. К моменту монополизации власти кланом Токугава воины по всей стране обладали теми формальными качествами, которые Иэясу пришлось признать и включить в государственный закон. Воинские ранги были организованы вертикально, в нисходящем порядке, согласно важности и богатству Верхнюю часть этой иерархической лестницы занимал даймё, который часто являлся потомком бывшего провинциального протектора или наместника. Далее располагались: - воины высшего ранга (кюнин), имеющие свои собственные поместья, - воины среднего ранга (гокэнин, дзикан), подчиненные кюнин, - пешие воины низшего ранга (асигару) со своими оруженосцами и слугами. Под ними всеми, на провинциальных территориях, под тщательным надзором трудилась целая армия крестьян, привязанных к земле. В больших городах гражданское население было разделено на несколько профессиональных классов и состояло в основном из небольшого количества крупных землевладельцев, богатых купцов и ростовщиков, которые управляли различными гильдиями и корпорациями торговцев, ремесленников и крестьян, привязанных к плодородным землям вокруг городов. Ниже располагались подмастерья, крестьяне-арендаторы и слуги, чье положение было близким к рабству. На дне этой социальной лестницы находились артисты, носильщики, чужеземцы, нищие, а еще ниже, и за пределами общества, влачили свое жалкое существование парии или неприкасаемые (эта). Все эти классы, со всеми их категориями и рангами в итоге вступили в конфронтацию с первым сёгуном из клана Токугава.