У час, коли більшість масових повстань у Європі Нового часу зазнали поразки, Велике Українське повстання 1648 р. перемогло, в результаті чого була усунена магнатська еліта і встановлена місцева адміністрація. Але хоч ця епохальна подія спричинилася до багатьох змін, нерозв'язаними лишилося ще багато питань. Серед козацьких ватажків виникли гострі розходження щодо того, чи лишатися Україні під Москвою, чи ж шукати покровителів серед інших сусідніх держав. Стали відчутними також і болючі соціально-економічні проблеми.
Серед українців ще десятиліттями по смерті Хмельницького точилися запеклі суперечки навколо цих питань. Настали часи суспільного розбрату, чужоземної інтервенції, дальшого спустошення вже сплюндрованого краю. В українській історіографії трагічний спектакль, в якому українці марнували величезну енергію й рішучість, набуті у повстанні 1648 р., в самогубних сутичках, яким, здавалося, не буде кінця, часто називають Руїною. Через 20 років після смерті Хмельницького перемоги над спільним ворогом були зведені нанівець нездатністю українців об'єднатися для досягнення спільної мети. В результаті було втрачено багатообіцяючу можливість політичного самовизначення, створену повстанням Хмельницького.
Смерть Хмельницького застала українців у нещасливий момент. Напівсформоване українське суспільство, яке оточували хижаки-сусіди й роздирали внутрішні проблеми, охоче прийняло його провід. Але для наступників Хмельницького, які не мали його популярності й престижу, виявилося набагато важче здобути широку підтримку. Перед смертю Хмельницький влаштував так, щоб після нього гетьманом обрали його сина Юрія. Але незабаром 16-річний хлопчина сам переконався, що не готовий правити в такий переламний момент. Тому в 1657 р. гетьманом обрали одного з найближчих прибічників Хмельницького – Івана Виговського.
Виговський був одним із найрозумніших і найосвіченіших козацьких ватажків. Новий гетьман швидко виявив свою прихильність до старшини. У зовнішніх стосунках він схилявся до заснування незалежного українського князівства. Проте Україна була надто слабкою для того, щоб зробити такий крок, тому Виговський зосередився на пошуках противаги московським впливам на Україні. З цією метою він зміцнює зв'язки з Польщею. Але народ не підтримав цієї ідеї. До затятих ворогів такого зближення належали запорожці на чолі з Яковом Барабашем, а також козаки Полтавського полку під проводом Мартина Пушкаря. Московіти стали підбурювати народ проти гетьмана. Наприкінці 1657 р. проти нього повстала велика кількість рядових козаків, і в червні 1658 р. дві ворогуючі козацькі армії зіткнулися у кривавій битві. Переможцем із неї вийшов Виговський.
Розуміючи неминучість розриву з Москвою, Виговський активізував зусилля, щоб налагодити порозуміння з поляками. У   1658 р. після тривалих дискусій українські та польські посли досягли компромісного рішення, відомого як Гадяцький трактат.
За цією угодою Київщина, Брацлавщина та Чернігівщина утворювали Руське князівство, що поряд із Польщею та Литвою ставало третім рівноправним членом Речі Посполитої. Новоствореному князівству надавалася широка автономія.
Хоч Гадяцька угода викликає серед істориків захоплення своїми потенційними наслідками для історії України, Польщі та Росії, її реальний вплив був мізерним, оскільки вона лишилася невиконаною.
Ще навіть до її підписання Україну окупувало величезне, майже 150-тисячне московське військо під командуванням князя Олексія Трубецького. Спішно зібравши сили та з'єднавшись із своїми союзниками – поляками та кримськими татарами, Виговський рушив на північний схід назустріч загарбникам. 29 червня 1658 р. під Конотопом царське військо зазнало однієї з найстрашніших у своїй історії поразок.
Проте гетьман не зміг скористатися своєю блискучою перемогою. На Україні продовжували перебувати московські залоги; напад запорожців на Крим змусив союзників Виговського – татар – повернутися додому; на Полтавщині знову спалахнули заворушення. Кілька промосковських полковників звинуватили гетьмана в тому, що "він продає Україну полякам", і повстали. Це було останнім ударом. У жовтні 1659 р., не маючи змоги продовжувати війну з Москвою, Виговський відмовляється від гетьманства й тікає до Польщі.
Тепер перевага перейшла на бік Москви. Сподіваючись, що ім'я батька допоможе згладити внутрішні конфлікти, старшина обирає гетьманом 18-річного Юрія Хмельницького.
Підкорившись вимогам Трубецького, молодий гетьман прибув до його табору для перегляду угоди між його батьком і царем. Переляканий силою російського війська й погрозами Трубецького, Юрій повірив підробленому тексту Переяславської угоди 1654 р. і у 1659 р. підписав новий і дуже невигідний варіант документу. Так, молодий гетьман пішов на поступки, які ще п'ять років тому його батько навіть не розглядав би.
У 1660 р. між Москвою та Польщею знову вибухнула війна за владу над Україною. Коли царські війська потрапили в оточення до поляків на Волині, Юрій зі старшиною не поспішили допомагати їм. Натомість молодий гетьман вступив у переговори з поляками та погодився на повернення України до складу Речі Посполитої. В цей момент і без того хаотична ситуація ускладнилася ще більше. На Лівобережжі, що перебувало під контролем царя, козаки виступили
проти Хмельницького, обравши наказним гетьманом Якова Сомка. Окупована польськими та російськими військами, розірвана на шматки соціальними конфліктами й чварами між політичними фракціями, Козацька Україна розділилася на дві окремі частини, кожна на чолі з власним гетьманом. Доба Руїни сягнула тепер свого апогею.
У січні 1663 р. пригнічений власною неспроможністю опанувати становище, що швидко погіршувалося, Хмельницький складає булаву і йде в монастир.
Влада його наступника Павла Тетері обмежувалася лише Правобережжям. Новий гетьман відмовився формувати незалежну козацьку політику і в основному підпорядкувався полякам. Разом із ними він захопив Лівобережжя, спонукаючи короля Яна Казимира продовжувати наступ аж до Москви. Але цей план провалився і Тетеря був змушений повернутися на Правобережжя.
Прагнучи помститися на землях, які стали колискою повстання 1648 р., поляки повсюдно палили, грабували, мордували. Поведінка Тетері та поляків викликала загальну ненависть, внаслідок чого гетьман втратив серед козаків останніх прибічників, зрікся гетьманства і втік до Польщі.
У 1666 р. гетьманом Правобережжя стає Петро Дорошенко, який був одним з найдіяльніших прибічників відродження козацтва. Він підкреслював, що ставить собі за мету об'єднати під власною зверхністю Право- і Лівобережну Україну. Щоб зміцнити своє становище, новий гетьман впроваджує ряд детально впроваджених реформ, часто скликає генеральні ради, де вислуховує думку рядового козацтва.
На початку гетьманування Дорошенко проводив пропольський курс. Але його політика докорінно змінилася, коли в січні 1667 р. поляки та росіяни підписали Андрусівський мир, що став для України страшною політичною катастрофою. По суті, за цим миром Козацька Україна ділилася навпіл: поляки визнавали суверенітет царя над Лівобережжям, а московити давали згоду на повернення поляків у Правобережжя.
Дорошенко, який, за переказами, пережив сердечний приступ, дізнавшись про Андрусів, відкинув пропольський курс і вирішив відродити один із давніх проектів Богдана Хмельницького – звернутися по допомогу до Оттоманської Порти.
Восени 1667 р. об'єднане турецько-козацьке військо напало на польські сили в Галичині, змусивши короля Яна Казимира  надати Дорошенку на Правобережжі широку автономію. Щоб цілком позбутися поляків, Дорошенко передає Україну під відносно символічну зверхність Туреччини. Закріпившись на Правобережжі, Дорошенко переходить із військом на Лівий берег і скидає свого
суперника – гетьмана Івана Брюховецького. У 1668 р. він, спираючись на турків, проголошує себе гетьманом усієї України.
Проти ці успіхи виявилися скороминучими. Занепокоєні зростанням гетьманової влади, численні вороги взялися підривати її. Татари зробили спробу замінити Дорошенка якимось Суховієнком. Не встиг Дорошенко скинути цього противника, як поляки висунули ще не безпечнішого конкурента – Михайла Ханенка, з яким вони захопили Правобережжя. Виступивши назустріч загарбникам, Дорошенко призначив наказним гетьманом Лівобережної України Дем'яна Многогрішного. Цього разу Москва рушила на Лівобережжя, змусивши Многогрішного зректися Дорошенка й визнати зверхність царя.
З падінням своєї влади Дорошенко ледве міг контролювати навіть Правобережжя. Розуміючи безвихідь свого становища, він поступається гетьманськими клейнодами на користь Івана Самойловича, нового гетьмана Лівобережжя.
Турки ж знайшли Дорошенкові досить несподівану заміну. В 1677 р., сподіваючись використати славне ім'я Хмельницьких, вони призначають Юрія гетьманом Правобережжя. Ця загадкова і, ймовірно, неврівноважена людина вже знала й злети, і падіння.
У 1677 – 1678 рр. разом із турками Юрій брав участь у кількох невдалих походах на давню столицю батька – Чигирин. Не здобувши у чигиринських походах однозначної перемоги, він організував напад на Лівобережжя, який закінчився жалюгідним провалом. Не в змозі забезпечити собі відчутної підтримки, він контролював лише невелику, відведену йому турками, частину Поділля. Але й тут його влада була настільки хисткою та ще й деспотичною, що у його мусульманських покровителів зрештою урвався терпець і в 1681 р. вони стратили його. Того ж року Москва підписала з турками Бахчисарайський мир, за яким визнавалися володіння сторін на Україні. Через п'ять років аналогічну угоду Москва підписала й з Польщею. На 1686 р. вся Україна виявилася розділеною між сусідніми державами.