Святой Троицы - древнейший из сохранившихся архитектурных ансамблей Костромы. Согласно преданию татарский мурза по имени Чет поступил на службу к московскому князю Ивану Калите и принял православие. Чтобы окончательно подтвердить свою приверженность этой вере, он основал в первой половине XVI века Ипатьевский монастырь. Впрочем, некоторые ученые считают, что обитель возникла несколько раньше - в последней четверти XIII века. В письменных источниках монастырь впервые упомянут в 1435 г. Здесь был подписан мирный договор между враждовавшими князьями Василием Темным и Василием Косым.

Расцвет монастыря начинается в XVI веке. Тогда о нем вспомнили бояре Годуновы, ведущие свою родословную от мурзы Чета. В Ипатьевской обители находились могилы предков Годуновых. После женитьбы царя Федора Иоанновича на сестре печально известного Бориса Ирине Годуновы выдвинулись на посты ближайших царских помощников. И тут-то им оказалось очень кстати подтвердить древность своего происхождения и доказать, что родовитостью они не уступают Шуйским, Романовым и другим знатным русским семьям. В качестве доказательства мог выступать богатый монастырь с родовой усыпальницей. И в Ипатий рекой потекли богатые подарки и денежные пожертвования от Дмитрия Годунова, Бориса Годунова и от самого царя Федора Иоанновича. В результате к началу XVII века во владении монастыря было больше тринадцати тысяч десятин пахотной земли и больше четырехсот селений. По старым описям имущества Троицкого собора Ипатьевского монастыря, в его ризнице насчитывалось более девяноста икон, принесенных в дар Годуновыми. Началось строительство каменных зданий, ведь до этого почти все строения в обители были деревянными.

В смутное время монахам пришлось нелегко. В 1609 г. Ипатьевский монастырь был захвачен сторонниками Лжедмитрия I - "тушинского вора". Мало кому из насельников удалось спастись. Но ополчение северных русских городов в течение полугода вело осаду монастыря и, наконец, разгромило тушинцев. К тому времени обитель уже была обнесена высокой крепостной стеной и победа далась нелегко.

В 1613 г. монастырь стал убежищем для молодого Михаила Романова. Здесь он укрывался от польско-литовских интервентов. Здесь же он находился, когда был провозглашен царем, и один из братских корпусов тогда стал временной царской резиденцией. С тех пор Романовы стали считать Ипатьевский монастырь фамильной святыней и на протяжении своего трехсотлетнего царствования всячески поддерживали его.

В 1913 г., через триста лет после того, как обитель была временным пристанищем для первого из Романовых, его в последний раз посетил последний царь - Николай II. Как нетрудно догадаться, время расцвета монастыря близилось к концу. Впрочем, Ипатий избежал обычной участи храмов после революции. Он не был разрушен или превращен в складские помещения. На его территории был устроен музей-заповедник. В его помещениях расположились музеи. Обычный для небольших городов краеведческо-исторический музей, богатая коллекция церковной утвари и икон и даже, как ни странно, музей естествознания.