.

Война 1982 года, не смотря на то, что Арафат таки покинул Ливан, мало способствовала миру в регионе. Наоборот, она способствовала росту радикальных мусульманских экстремистских организаций, влияние которых в палестинском движение сопротивления стало более сильным. Их первоначально эпизодические случаи насилия стали более скоординированными. Начиная с 1987, эти группы (в основном фракции ООП, ХАМАС, Исламский Джихад) организовывают ряд демонстраций, бунтов и террористических актов, направленных против Израиля. Эти демонстрации и нападения стали известны как Интифада.

Интифада вспыхнула 9 декабря 1987 среди палестинских арабов, живущих на территориях оккупированных Израилем: в Секторе Газа, на Западном берегу и в Иерусалиме. Интифада была вызвана не только 20-летней израильской оккупацией указанных территорий, но и увеличением безработицы среди палестинских арабов. Интифада принимала различные формы: бойкота израильских товаров, нападения на израильских гражданских жителей и поселенцев, демонстраций на поддержку палестинской государственности, забрасывания камнями арабской молодежью израильских солдат. Реакцией Израиля на интифаду стало вооруженное подавление восстания. Только за 1 год интифады более 300 палестинцев было убито, более 11 000 ранено, и еще большее число - арестовано. Израиль закрыл университеты и школы, ввел комендантский час однако был неспособен подавить восстание. На 1990 год Международный Красный Крест заявил что израильскими силами безопасности было убито более 800 палестинцев, еще 16 000 находились в тюрьмах. Интифада отрицательно сказалась на экономике Израиля, сокращение бюджета вело к существенной безработице.

Однако в 1988 году Арафат и подконтрольные ему фракции ООП начинают отходить от курса направленного на уничтожение государства Израиль. На совещании Национального Совета Палестины, проходившей в Алжире в 1988, были признаны резолюции ООН 2 242 и 338, призывавшие Израиль очистить занятые территории. Вскоре Арафат объявил о признании права Израиля на существование и отказался от ведения террористической деятельности, что позволило начать мирный процесс. После того как 31 июля 1988 король Иордании Хуссейн отказался от Западного берега и Восточного Иерусалима, 15 ноября 1988 ООП провозгласило создание "Государства Палестина" со столицей в Иерусалиме, 2.4.1989 Национальный Совет Палестины избрал Арафата президентом палестинского квази-государства.