Вплоть до середины XIX века государственное коннозаводство, несмотря на организационные преобразования, оставалось для обеспечения императорского двора и поставки конского ремонта в армию. Тяжелые войны, которые Россия вела в начале XIX века, особенно Отечественная война 1812 года, потребовали очень большого числа лошадей. К 1814 году в России уже было 1339 частных конных заводов, имевших 281580 маточных кобыл и 22140 жеребцов. В 1819 году был создан специальный Комитет об управлении военно-конскими заведениями и ему были подчинены Скопинский, Деркульский, Стрелецкий, Лимаревский и Новоалександровский военные конные заводы. Кроме них комитету были подчинены около десяти конных заводов военных поселений, а с 1826 года - две сводные случные конюшни. С 1833 года Комитет об управлении военно-конскими заведениями был переименован в Комитет о коннозаводстве российском. Возглавляли Комитет опытные специалисты, президент Лебедянского общества Н.А.Лунин и редактор первых русских заводских книг Н.В.Граевский, но весь стиль работы был казенно-бюрократический и не давал желаемых результатов. К середине XIX века стала очевидной необходимость очередной реформы государственного коннозаводства. Реформа, проект которой был подготовлен в секретном комитете по крестьянскому вопросу, была осуществлена в 1843 г. Указом от 7 января 1843 года предписывалось: "Императорские военно-конские заводы со всеми их способами предназначить для улучшения коннозаводства в государстве". И 10 апреля 1843 г. было учреждено Управление государственного коннозаводства, на которое возлагали управление всеми государственными конными заводами и случными земскими конюшнями. Ему же было поручен надзор за проведением скачек и бегов на ипподромах России и назначение призов для них. Следует отметить сословный характер Управления государственного коннозаводства, формируемых исключительно из представителей дворянства. Первым главным управляющим был назначен В.В.Левашов, его сменил барон Е.Ф.Мейендорф, затем генерал-адъютант Р.Е.Гринвальд, а в 1881 году граф И.И.Воронцов-Дашков, владевший крупным рысистым конным заводом в Тамбовской губернии. Оживилось ипподромное дело: если в 1880г. рысаков испытывали на 24 ипподромах, то в 1895 г. они бежали на 41, а в 1905 г. - на 59 ипподромах России. При этом количество испытанных лошадей увеличилось с 280 в 1880 г. до 2900 в 1905 г., а сумма разыгранных призов - с 110000 рублей до 2775000 рублей. Скачки в 1880 г. проходили только на 7 ипподромах и в них участвовало 132 лошади.

В XIX веке изменились спортивные увлечения дворян. Прежде всего это были скачки и бега, в которых участвовали сами владельцы лошадей. Офицерские скачки и различные конные игры стали проводить с 1820 г. в Красном Селе, куда войска выходили в летние лагеря. С 1872 г. офицеры участвовали в Красносельском стипль-чейзе на 4 версты, описанным Л.Н.Толстым в романе "Анна Каренина". В 1889 г. в России впервые были проведены соревнования по "конкуру-иппику" - преодолению препятствий, расставленных на сравнительно небольшой ровной площадке. Этот вид конного спорта быстро завоевал в России большую популярность. На международных соревнованиях в Лондоне все русские конкуристы прыгали новым стилем и трижды - в 1911, 1912, 1913 гг. - выигрывали главный командный приз - Кубок короля Эдуарда VII.

Управление государственного коннозаводства регулярно издавало очередные тома заводских книг рысистых и скаковых лошадей, в которых публиковались сведения о племенных лошадях государственных и частных конных заводов, которых в 1900 г. в России насчитывалось свыше 6000.