Основание Сан-Марино легенда приписывает св. Марину, бежавшему в 298—300 годы из Далмации (остров Раб в современной Хорватии) от религиозных преследований и работавшему некоторое время на месте современного Римини в качестве каменотёса. Он открыл каменоломни в горе Титано (Монте-Титано), а затем, ища уединения, построил себе маленькую келью на ее вершине и удалился от мира. Слава его святой жизни привлекала к нему толпы богомольцев, и скоро около его кельи образовался небольшой монастырь. Этот монастырь, названный по имени своего основателя, несомненно существовал уже в конце VI века и жил самостоятельной жизнью, не завися в политическом отношении ни от кого из соседей.

В течение следующих веков его имя несколько раз упоминается в исторических памятниках; по-видимому, он все время сохранял политическую самостоятельность. В 951 году герцог Беренгар II укрывался в «общину Сан-Марино» от победоносного оружия императора Оттона.

Во время набегов на Италию мадьяр и сарацин община укрепилась валами и стенами. В начале второго тысячелетия она управлялась народным собранием, состоявшим из глав семейств. В XIII веке власть народного собрания заменена властью избранного Генерального Совета. С XI по XIII века владения республики несколько расширились путем покупки небольших клочков земли у соседей.

В XIII веке Сан-Марино, находившееся между владениями графов Монтефельтро (в Сан-Лео), сторонников гибеллинов, и городом Римини, стоявшим за гвельфов, было вовлечено в борьбу между этими двумя партиями. Сан-Марино заключило союз с графами Монтефельтро, за что подверглось проклятию папы Иннокентия IV.

Папы несколько раз делали попытку завладеть Сан-Марино, но без успеха. Большой опасности подверглась республика, когда в Римини захватил власть Малатеста. Чтобы оборониться от его замыслов, Сан-Марино заключило договор с Альфонсом V Арагонским, королем Неаполя, и в последовавшей войне захватило сильный замок Фиорентино, принадлежавший Малатесте; после войны замок остался за республикой. К ее же помощи прибег и папа Пий II в 1462 году, в войне против Малатесты; помощь оказалась ценной, и в результате войны деревни Серравалле, Фаэтано и Монтеджиардино остались за республикой.

В XVI веке папы несколько раз отдавали Сан-Марино в лен разным лицам, но по разным причинам захват его не мог состояться. В 1543 году папское войско в 500 человек, сделавшее попытку завладеть городом ночью, заблудилось в ущельях горы Титано и должно было вернуться ни с чем. День этой бескровной победы доныне празднуется в республике.

В 1631 году соседнее герцогство Урбино было присоединено к папским владениям; вместе с этим Сан-Марино оказалось как бы островом, со всех сторон окруженным ими. Папа Урбан VIII согласился признать независимость республики и предоставить ей свободу от таможенных пошлин при вывозе из нее товаров в Церковную область (1631). Поводом к дальнейшим столкновениям служило право убежища, которое Сан-Марино предоставляло всем беглецам из Церковной области.

В 1739 году два санмаринца, П. Лолли и М. Белзоппи, недовольные правительством, устроили заговор для его низвержения и восстановления власти народного собрания, но были вовремя арестованы. Папский легат в Романье, кардинал Альберони, по всей вероятности, бывший ранее с ними в сношениях, потребовал их освобождения и предания духовному суду. Республика отказала. Тогда Альберони арестовал всех находившихся вне родины санмаринских патрициев, закрыл границу республики для ввоза и вывоза товаров и двинулся с войском на Сан-Марино, которое и занял при поддержке духовенства и части населения, сочувствовавшей заговорщикам.

Большинство населения было против него: согнанное в собор для принесения присяги папе, оно отказалось от этого; тогда толпа народа была заперта в соборе и несколько дней голодом вынуждена к присяге. Однако папа Климент XII не одобрил поведения кардинала и восстановил республику, нашедшую сильных ходатаев при его престоле.

Сан-Марино уцелело и в эпоху революционных войн; даже сам Наполеон I предложил ему дружеский союз. Венский конгресс тоже не тронул республики.

С 1831 году Сан-Марино часто являлось убежищем для политических эмигрантов.

В 1849 году Гарибальди со своим отрядом, преследуемый австрийцами, подошел к границе Сан-Марино. Правительство не решилось дозволить ему доступ на территорию республики, ограничившись присылкой ему съестных припасов. Вынуждаемый необходимостью, Гарибальди самовольно вступил в пределы республики и через несколько дней с частью отряда (250 человек) ночью прокрался мимо австрийских войск. Остальная часть отряда была обезоружена республикой и по ее ходатайству отпущена на свободу. После этого на территории республики укрылось несколько депутатов бывшего римского парламента; республика сначала отказалась их выдать, но когда подошел папский генерал Марциани с войском в 4000 человек, она не воспрепятствовала ему войти в город и арестовать 32 эмигранта.

В самом Сан-Марино в это время появились различные политические партии: партия независимости, партия клерикальная, партия демократическая, стремившаяся к присоединению к Италии. Жертвой борьбы партий явился статс-секретарь Бонелли, убитый на улице политическими противниками (1853); затем последовало еще несколько политических убийств. Папа Пий IX, воспользовавшись ими, хотел присоединить Сан-Марино к своим владениям; республика обязана была своей независимостью заступничеству Наполеона III.

Стоявшая в стороне от театра борьбы в 1859—1860 годах, она уцелела во время объединения Италии и в 1862 году заключила с ней договор о добром соседстве и торговый трактат; и то, и другое возобновлено в 1872 году.